Uff, me temo que esta pregunta puede causar estragos
en fin te contesto brevemente.
La desventaja que le veo a Debian es que en Debian si quieres disfrutar de una versión estable son paquetes un poco antiguos, asi por ejemplo la ultima Debian, la 3.0 aun trae KDE 2.2 como oficial, siempre te puedes pasar a Sarge o a Sid pero esto sin duda son problemas.
Por lo demás apenas si noto diferencias.
Saludos