Hola, Axo.
 
No estoy seguro de haber entendido bien tu duda, pero ¿podría ser algo así? 
 Código PHP:
    <html>
<head>
<script>
var total=0;
function sumar(chk,valor) {
    if (chk.checked)
    total+=valor; 
    alert(total)}
</script>
</head>
<body>
<input type="checkbox" onClick="sumar(this,3)">
</body>
</html> 
   
  Saludos,