Agregás un contenedor por encima del contenido, y lo mantenés oculto hasta que necesitás cargar información. Algo así:
Código HTML:
<div id="loading" style="display:none;z-index:2;"></div>
<div id="contenido" style="z-index:1;">Este es el contenido...</div>
Código:
function cargarContenido() {
$("#loading").show();
$.get("contenido.php", function(r) {
$("#contenido").html(r);
$("#loading").hide();
});
}