Hola,
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Iniciado por darkram 
... Perfecto lo hare de esta manera, el tema Ant o Maven me lo mirare no estaba al corriente, pero si dices que es una buena tool la mirare. ...
Ant y Maven son las herramientas que usan los editores para construir los proyectos, al final lo que estas usando para compilar son estas herramientas, y no es que yo diga que son buenas herramientas, básicamente es lo que usa todo el mundo, aunque evidentemente algunos sin saberlo.
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Iniciado por darkram ... Otra cosa: En eclipse tengo la opción de build automatically y me crea las class cada vez que guardo el archivo ...
En Eclipse usas Ctrl+S para guardar y te compila la clase automáticamente, en NetBeans usas F9 para compilar la clase y la guarda automáticamente. Es como todo, con un poco de imaginación logras tu objetivo, a menos que no mires la similitud entre Ctrl+S en Eclipse y F9 en NetBeans.
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Iniciado por darkram ... y lo mas importate me lo mete en la carpeta especificada en el XML de struts. ...
Yo hablaba de las clases .java y .class, si estas hablando de otra cosa no tengo ni idea. Cuando hablamos de clases deben estar en una organización de carpetas igual al nombre canónico de la clase /org/comp/etc, así que tienen que estar 'en su lugar'.
Si estas hablando de un Jsp pues tu mismo lo dijiste al inicio, "subo directamente al servidor para que los interprete, es decir no los pruebo desde el eclipse." y según eso creí que no hacías nada mas que editar, y seguidamente copiar y pegar.
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Iniciado por Xerelo HackmanC, lo de usar un proyecto normal le vale para las clases, pero tengo mis dudas de si con las JSP no tendrá que trabajar sin ayudas, como si usase el notepad. ...
Para mí tenías toda la razón desde el principio, si el editor puede hacer muchísimas cosas adicionales no sé porque no las quiere aprovechar
.
Yo simplemente estaba mostrando otra opción adicional, aunque como bien dices no obtendría ayuda para la manipulación de archivos de configuración, ni los Jsp, etc. Lo estaría usando como el notepad.
Veamos un ejemplo, yo descargue Tomcat en tar.gz y lo descomprimí en una carpeta, para crear proyectos en NetBeans no necesito que Tomcat esté corriendo, simplemente que encuentre la carpeta donde está Tomcat.
Veamos otro ejemplo, si instalas NetBeans y seleccionas la instalación por defecto te instala una copia local de Tomcat.
No sé, a mi me parece mas una cosa de usar la imaginación y es lo que quise dar a entender al crear un proyecto normal y agregar las librerías allí.
Saludos,