Yo tambien haria lo mismo que te recomienda MoebiusDigital, pasaria los datos a csv y luego los migro a una base de datos. De hecho me toco hacerlo en estos dias. Eso si la manera mas facil es tirando de linea de comandos. Es muy sencillo y efectivo. Lo digo porque asi logre meter csv con casi un millon de lineas sin problemas.
http://guimi.net/blogs/hiparco/pasar...e-csv-a-mysql/
Si lo intentas hacer de otra manera y los datos son muy extensos tiene un error muy raro y pierde como la conexión a la base de datos, me imagino que eso ya es ajustes al php.ini (lo supongo, no lo afirmo). Igual si alguien con su experiencia nos puede ilustrar mas seria muy provechoso.