depende del alcance del proyecto, java en sus variedades
JSP o
Servlets tiene una presencia significativa en el mercado (quizá no tanto como PHP) pero debido a su robustez y licencias comerciales es una de las opciones comunes para entidades bancarias y gubernamentales (exceptuando a las políticas que impliquen software libre).
una de las desventajas de java puede ser la alta curva de aprendizaje, cosa que con PHP es menor.
independientemente de la elección, tendrás éxito si aplicas bien los estándares, al final y para ambas plataformas has de dominar HTML, Javascript y CSS, suerte
