Es lo mismo dos sesiones a una sesion con array y dos elementos

[EduardoU24]

En gasto de recursos no se la verdad cual seria la mejor opción dentro de 1000 variables.
La única diferencia que podrías ver es en tu modo de programación
si tienes 1000 variables separadas, van a estar separadas (DUH) y sera mas complicado en caso de que necesites hacer algo con variables que están relacionadas.

En cualquier caso SESSION ya es un array en rigor... por lo que de igual forma estas solo agregando espacios de ese array.

yo te recomiendo acostumbrarte a usar arrays dentro de cosas que estén relacionadas, digamos un usuario y sus noticias

$_SESSION['usuario']['id'];
$_SESSION['usuario']['nombre'];
$_SESSION['usuario']['email'];


$_SESSION['noticias']['id'];
$_SESSION['noticias']['titulo'];
$_SESSION['noticias']['subtitulo'];
$_SESSION['noticias']['creador'];

Y así usas un Loop (while - do - for - foreach) para navegar entre ellas y/o mostrarlas-usarlas.

Saludos.