Bajo linux podes utilizar la consola de mysql para hacer un dump con el comando mysqldump asi:
Código:
mysqldump -uUSUARIO -pPASSWD DATABASE --no-create-info > /tmp/dump.sql
Asi te genera un dump con solo los datos, y luego con el dump se lo tiras a la otra base de datos asi:
Código:
mysql -uUSUARIO -pPASSWD DATABASE < /tmp/dump.sql