SI, funciona el Msn Messenger con cualquier cuenta de correo electronico, no tiene porque ser @hotmail.com o @msn.com, también puede ser @tudominio.com, @eldominiodemiproveedordeinternet.com, etc...
Para ello hay que sacarse una cuenta de passport, para eso hay que dirigirse a la siguiente url y seguir las instrucciones, es muy fácil hacerlo y de esta manera podreis tener más personalizado vuestro messenger, un saludo.
La url es
http://www.passport.net/Consumer/default.asp?lc=3082