Pregunto:
- Tienes servidor windows?
- Estas seguro que el .exe te podria solucionar el problema?
- Puedes modificar la configuracion para permitir esa ejecucion?
Si respondiste no a cualquiera de las 3 preguntas, tendras que cambiar de servidor.
Si respondiste si a las 3 preguntas, entonces vas por buen camino, pero... si puedes modificar la configuracion para ejecutar programas, tambien deberias poder modificar php.ini para poder subir archivos mas grandes y, entonces, te complicas sin necesidad.
