¿De donde sacas que la configuración no viene en un archivo único? El único archivo que utiliza PHP para su configuración es el php.ini.
Esa línea que comentas es donde el intérprete de PHP va a buscar el php.ini, pero no es que use varios, siempre busca el php.ini pero en diferentes rutas, y si no regresa a un módo sin configuración donde tiene algunos settings habilitados.