La página a la que marcas con canonical es la que dices a los buscadores que tomen como la original. Con el All in One Seo Pack no lo he utilizado, pero bueno, te saco un extracto de un artículo publicado por adseok.
"Los tres principales buscadores, Google, Yahoo y Microsoft siguen preocupados con el problema del contenido duplicado, y acaban de proponer una nueva etiqueta llamada “Canonical” para indicar cuál es el contenido principal y cuáles las URLs secundarias.
Puedes leer el artículo completo
aquí, creo que te aclarará algunas dudas