El hecho de que no apage el pc normalmente se puede deber a un fallo en la instalacion del windows, como también a programas que quedan residiendo en el systray y que no permiten que windows se apage hasta que ellos no hayan sido cerrados.
mira esta pagina hay encontraras varias utilidades que lo que hacen es que cuando el usuario le da apagar al equipo estas cierran todos esos programillas residentes en el systray o en la memoria para que el windows apage correctamente
pagina