Cita:  ...para hacerlo con php se me haria un proceso eterno...
    php no va hacer nada distinto a lo que puedas hacer con sql... es decir para que php te borre registros de la base de datos le tendras que mandar una query igual a la que puedas ejecutar directamente en el servidor.... 
Nos dices muy poco de tutabla, pero supongamos  
tutabla
id
tucamporepetido
... 
Para obtener los id con contenido repetido    
si vas a borrarlos todos    
Si lo que quieres es conservar uno y no tienes mas campos que ese, antes de borrar haz    
Ahora en unaTablaTemporal tendrás una y solo una copia de esos contenidos... 
Ya puedes borrarlos de tutabla. 
Y luego    
si hay mas campos la cosa se complica....