Cita: ...para hacerlo con php se me haria un proceso eterno...
php no va hacer nada distinto a lo que puedas hacer con sql... es decir para que php te borre registros de la base de datos le tendras que mandar una query igual a la que puedas ejecutar directamente en el servidor....
Nos dices muy poco de tutabla, pero supongamos
tutabla
id
tucamporepetido
...
Para obtener los id con contenido repetido
si vas a borrarlos todos
Si lo que quieres es conservar uno y no tienes mas campos que ese, antes de borrar haz
Ahora en unaTablaTemporal tendrás una y solo una copia de esos contenidos...
Ya puedes borrarlos de tutabla.
Y luego
si hay mas campos la cosa se complica....