Punto 1: CamelCase, _ …… Este tema siempre me ha parecido algo muy subjetivo. Hay muchísimas maneras de escribir tu código, simplemente elige la que más te guste o la que más cómoda te resulte. Puedes buscar algunas de las que ya están estandarizadas en Google:
http://www.google.com/search?q=php+s...w=1920&bih=894
Punto 2: MVC, no había escuchado esas siglas nunca la verdad, pero por el contenido de tu post supongo que se referiran a Model, View y Controler. Es algo bastante complejo, ya que habría que hacer una especie de "sistema" para que todo funcione correctamente.
De todas formas estos "sistemas" ya están hechos, y hay por ahí muchísimos FrameWorks. Te recomiendo CodeIgniter, yo lo utilizo y me va tremendamente bien.
Punto 3: Lo de utilizar librerías … Te pondré un ejemplo en la vida real, tienes una casa, ¿que funciones puede realizar? Cortar la electricidad, encender una lamparita, abrir la llave del gas … Podrías hacer perfectamente un objeto llamado "casa" con esas funciones en su interior. Por otro lado, utiliza objetos para agrupar funciones del mismo tipo, creando así una librería.
Espero no haberme liado mucho mientras escribía. Saludos y felices fiestas.