Por reporte te referís a los generados por JasperReport? .jasper /.jrxml ?
El concepto es el mismo que cuando querés abrir o leer cualquier archivo.. "donde esta el archivo" (en el mismo lugar que el jar o alguna otra carpeta).
Cita: al ejecutarlo alla no me responde los reportes
Acá obviamente hay una exception.. TRATALAS, nadie es adivino, al menos sacá mostrá la exception por pantalla o algo
Cita: cuando las ejecuto automaticamente se cierra el sistema
estás intentando ejecutar directamente los archivos del reporte?