Pasar como parametro el id de un array en javascript.

[ZiTAL]

Es que lo estás haciendo mal, mira el código resultante del mismo y te darás cuenta que_

Código Javascript:

$("li.alert").hover(function("<?php echo $c ?>"){
      $("#ColorBox2").css({'background-color' : "<?php echo $c ?>"});
     });
    });
 

al hacer ECHO dentro de la funcion javascript estas poniendo una variable estática y no una dinámica, por lo tanto siempre ta va a pintar el mismo color, mirate el código fuente generado y verás el fallo.