alfinal lo hice asi, creo que estaba un poco confundido gracias por toda su ayuda
Código PHP:
$s;
for ($s = 0; $s < count($data) ; $s++) {
$query2 = "SELECT BillingCode, COUNT(IdTransaccion) FROM datosisub WHERE EstadoCompra LIKE ' S%' AND BillingCode like '%$data[$s]%' AND Fecha BETWEEN '$Desde' AND '$Hasta' GROUP BY BillingCode";
$result2 = mysql_query($query2) or die(mysql_error());
$dataf = array();
// Print out result
if($row2 = mysql_fetch_array($result2)){
$data2[]= $row2['COUNT(IdTransaccion)'];
}else{
$data2[]= 0;
}
$dataf = $data2;
}
$array = $dataf;
$comma_separated = implode(",", $array);
echo $comma_separated;