buenas,
tu problema es que el servidor no considera los archivos *.js para revisar si contiene codigo de lado servidor. tienes que configurar el servidor para que analice los archivos *.js. no se que servidor estes usando, pero en apache se hace agregando unas lineas en htaccess. en todo caso, si no puedes configurar el servidor -porque estas restringuido a ello u otra razon-, la otra alternativa es un script de lado servidor -en el lenguaje que estes programando- y que este te genere codigo javascript. debes tomar en cuenta que al ser un script del servidor, en dicho script debes indicar que tipo de contenido esta generando, de modo que al cargarlo en <script> no tengas problema. el tipo de contenido lo especificas en el encabezado http Content-Type. por ejemplo en php seria algo como lo siguiente.
Código:
<?php header("Content-Type: text/javascript"); ?>
# codigo javascript y php
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