El sitemap.xml, por definición, tenés que crearlo en el raiz o root. De esa forma, no tenés que preocuparte por un sitemap independiente. Lo cual, a menos que se vulneren las limitaciones propias (50 mil URLs/10MB) no tiene sentido tener otro, a menos—claro está—que se trate de un sitemap de video, por ejemplo.
Finalmente, si el blog está en un carpeta ¡claro que que es conviente enlazarlo desde el sitio principal!
En favor de una buena arquitectura de URLs toda página del sitio debe estar enlazada como mínimo una vez desde otra.