buenas...
javascript no tiene una forma nativa para enviar datos al servidor. lo que si puedes hacer es enviar datos de la misma forma que lo haría un navegador con un formulario. es decir, primero construye la url y sus parámetros y luego realizas una petición http con esa url. básicamente tiene dos formas para la petición http: redireccionando a una nueva url, o con XMLHttpRequest. el primero tiene la desventaja de que necesitas obligatoriamente una ventana. si lo haces en la propia ventana entonces se recarga el navegador. supongo que no queras ese efecto. la segunda forma te permite realizar peticiones http en el trasfondo sin que la página actual se vea afectada por una recarga. en fin...
Código:
// asumiendo que el color es negro y que el script de servidor que procesa la informacion es color.php;
location.href = 'color.php?color=%23000'; // %23 es la forma codificada en hexadecimal del caracter #
// o en una nueva ventana que luego tendras que cerrar;
var color = self.open('color.php?color=%23000', 'color');
// con XMLHttpRequest
var req = new XMLHttpRequest();
req.open('get', 'color.php?color=%23000', true);
req.send();