Hola de nuevo.
La idea es básicamente la que dice Caricatos, o al menos coincido en que yo lo resolvería de esa manera y no se si es la mejor.
Prueba esto:
Código PHP:
<html>
<head>
<script language="JavaScript">
function abrePopUp1(){
var oWnd;
oWnd = open("pop1.htm", "miPopUp")
oWnd.focus();
}
function abrePopUp2(){
var oWnd;
oWnd = open("pop2.htm", "miPopUp")
oWnd.focus();
}
</script>
</head>
<body>
<form name="frm">
<h1>Yo soy la ventana principal</h1>
<input type="button" value="PopUp-1" onclick="abrePopUp1()">
<input type="button" value="PopUp-2" onclick="abrePopUp2()">
</form>
</body>
</html>
Saludos.