Son dos cosas diferentes. FileItem está referenciando un dato subido a un servidor (uno de los datos puede ser un fichero, pero también puede ser un campo de texto que se ha enviado) mientras que File se usa para referenciar ficheros en cualquier tipo de sistema de archivos (aunque creo que también puede hacer referencia a ficheros fuera del pc).
Lo que necesitas es obtener el contenido del archivo mediante el objeto de tipo FileItem y guardarlo en el disco mediante File.
En esta página explica como usarlo (aunque es en inglés):
http://www.techiepark.com/tutorials/...ad-using-java/
Saludos.