Cita: no esta buen separarlas cuando tienen alguna relacion entre los checks (a menos que sea ultra necesario)
linuxzero tiene toda la razón.
Siento confesar que hize un copiar/pegar y respondí teniendo en mente un type="text".
Mi solucuón sirve, pero para hacerlo bien, sigue el consejo de linuxzero. POstea el código donde recojes dichos valores.
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añado 5 minutos mas tarde...
si la los checkbox equivalen a registros de db, usar user[$id] es lo correcto. Pero si són checkbox 'libres' no hay motivo para usar arrays
Saludos!