¿ Cuál es la mejor forma de maquetar una página ?

[ocp001a]

Require o include se diferencian en que require da un error y se detiene si no existe el archivo llamado, mientras include puede continuar.

Yo prefiero todo como si se trabajara desde la raiz, de forma que siempre que llames una imagen o script sepas donde está sin tener que regresar de directorio (los famosos ../)

El iframe como tal no está obsoleto, de hecho es necesario para ciertas cosas, lo que está obsoleto son los frames.

Alternativas hay muchas, dependiendo de tus necesidades, yo por ejemplo, solía tener un archivo tipo template que contenía todas las secciones siguiendo el esquema cabecera, bloque superior, bloque izquierdo, centro, bloque derecho, bloque inferior y pie de página, como si fueran funciones, de modo que el template sólo indicaba colores, tamaños etc, y según estuviera acomodada la información en la BD incluía la información dentro de los bloques (divs).