Lo siento, y aunque lo vuelvan a repitir:
El penguin update no es ninguna penalización, es una actualización del algoritmo.
Se han implementado ya nuevas actualizaciones (penguin 1.1, etc.) de la actualización del algoritmo.
http://insidesearch.blogspot.de/2012...h-quality.html
@castrorodriguez
Con respecto a la pregunta inicial.
Opino que si puede causar problemas para tu web. Depende un poco de la cantidad de enlaces entrantes que tengas, de la variación del texto de esos enlaces, el ratio dofollow/nofollow etc. y también si existe una vinculación temática (una cierta visibilidad de rankings de ese directorio para palabras clave relevantes para tu web) entre ese directorio y tu sitio web.