No sé la solución exacta, porque las veces que la implementé fue bajo windows.
En realidad el problema se te origina por una mala (por insegura) config del administrador, ya que register_globals debería estar "desactivada por defecto" y no al revés, al punto que register_globals fue removida directamente en php 5.4
Al no tener tu php instalado como modulo de apache, los cambios via .htaccess estan deshabilitados.
Ahora habría saber como esta corriendo tu php, si como CGI ó como FastCGI, porque también hay diferencias entre uno y otro.
Te dejo links a un par de artículos (seguro que hay más y mejor explicados a lo mejor)
CGI
http://presoon.com/blog/2010/02/26/c...cgi-in-cpanel/
FCGI
http://forums.cpanel.net/f5/individu...gi-160398.html
Googlea un poco más con
php cgi custom php.ini
ó
php Fcgi custom php.ini
Según sea tu instalación (consultá al administrador si no estás seguro, eso al menos si te lo va a informar) si tenes habilitado phpinfo() también podés obtener el valor
SAludos