Cita:
Iniciado por webankenovi 
si es posible con mkdir();
mkdir('/carpeta donde deseas guardar/'.$file.'/'.$file.'.php', 0700);
perdon me equivoque
primero creas el directorio con el nombre del archivo
mkdir('/carpetapredefinida/'.$file, 0700);
y despues copias el archivo en ese directorio
copy('/carpetapredefinida/'.$file,'/carpetapredefinida/'.$file.'/'.$file);