Encontre la solucion!
Código PHP:
<input type="image" src="http://localhost/jm/templates/mitemplate/images/piso_banco.png" style="position:absolute; z-index:200px; margin-left:-104px;"/>
En esta linea le quite el estilo y le puse una clase y desde el estilo de la plantilla le meti el siguiente codigo:
Código HTML:
<style>
.inputtoplisting{
position:absolute;
z-index:200px;
margin-left:-104px;
margin-left:0px \0/; /*IE9*/
}
</style> La solucion fue "margin-left:0px \0/; /*IE9*/", añadiendole el "\0/" al final de la etiqueta lo que se conseguia es que el margen de -104 no afectara a IE ya que se le da un estilo especifico a IE de margen 0. Por cierto no funcionaba directamente en el input como estuve probando, tuve que meterlo en la hoja de css.