Creo que sí va a ser un problema de códecs, hace tiempo me pasó algo similar, pero fue al generar los proyectos, tenían errores diversos desde imágenes estáticas después de una transición, pixelación en la parte baja, pérdida de sincronía audio/video, etc.
El origen de estos errores fue porque estaba trabajando en una web de videos e instalé software y códecs para probar, éstos reemplazaron los existentes y de ahí comenzó el sufrimiento.
La única solución fue instalar todo desde cero, con formato de disco de por medio.
