Pues era bastante sencillo
Ya está hecho el cambio para que sea más fácil poner el banner y su enlace. Aquí lo dejo.
Código:
<head>
<title>Selección de Banners Aleatorios</title>
</head>
<body>
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
// Realizado por: Fabian Muller modificado por KarlanKas
// WebExperto.com - Ayuda al webmaster en español
// Comienzo
width="468"; //Anchura del banner
height="60"; //Altura del banner
banners = new Array();
banners[0]= new Array("banner1.gif","http://www.patrocinador1.com");
banners[1]= new Array("banner2.gif","http://www.patrocinador2.com");
totalbanners = banners.length;
var ahora = new Date()
var segundos = ahora.getSeconds()
var ad = segundos % totalbanners;
seleccionado=banners[ad][0];
enlace=banners[ad][1];
document.write('<center>');
document.write('<a href='+enlace+' target="_blank">');
document.write('<img src='+seleccionado+' width='+width+' height='+height+' border="0">');
document.write('</a>');
document.write('</center>');
// Fin
</SCRIPT>
<!-- RESTO DE PÁGINA-->
</body>
</html>
Un saludo.