vamos por partes:
1. en tu servidor web tienes que configurar por el htacess que sólo responda el dominio con
www., sin www debes hacer un redirect 301 al con 3w.
2. luego en WMT configuras el dominio con 3w.
3. puedes dicirle a WMT cual es tu dominio preferido
4. subes el sitemap a WMT con el dominio de 3w.
y por último un poco de paciencia.