Como consultar y declarar dos opciones

[rodrigo791]

Y bueno es un poco de lógica, no más.
Hace las 2 consultas por separado.
una que consulte si es nota1 = 0, luego haces un if(mysql_num_rows) y si devuelve mayor a 0 es porque hay filas con valor 0 en nota1, por lo tanto haces el mensaje de alerta
echo alert("AUN NO SE HAN REGISTRADO..blablabla");

y luego haces la consulta por separado también como te dije, pero diferente, consultas si nota1 <> 0, y lo mismo para está, consultas con mysql_num_rows si es mayor a 0 entonces haces lo que tengas que hacer.

Una de las 2 se va a ejecutar.