Hola:
Si el web service ya está desarrollado (en .net o cualquier otro lenguaje), no tienes que hacer nada con ese web service. Unicamente tienes que construir tu cliente java.
Para consumir (hacer un cliente) java de un webservice, tienes que bajarte alguna librería que te facilite la tarea (axis2, apache cxf, etc). Habitualmente estas librerías vienen con alguna herramienta capaz de analizar el web services a partir de su wsdl (SOAP) y te generan el esqueleto del cliente. REST es algo más moderno y quizás haya menos cosas para él, pero si el servidor tiene el equivalente al wsdl (se llama wadl para rest), posiblemente haya librerías que te ayuden a generar el cliente (echa uno ojo a cosas como esta
http://cxf.apache.org/docs/jax-rs-client-api.html o a otra que se llama jersey
http://jersey.java.net/ )
No puedo darte más detalles porque no he usado nunca REST, hasta ahora solo me ha tocado SOAP.
Se bueno.