¿Cómo saber cuales son las consultas lentas?

[KekoGrama]

Hola, tengo un problema: Tengo una aplicación (web con PHP) que desarrollé usando como base de datos MySQL. El asunto es que hay cierta consulta que me está dando problemas, porque cuando se ejecuta empieza a hacer un overload al servidor. De hecho, tengo instalado Munin y me indica que se ejecutó una "slow query", el problema es que no sé cual es la consulta (ya que en esa instancia se ejecutan varias querys). Lo único que tengo como antecedente es que la tabla contenía alrededor de 20.000 datos (supongo que no son tantos) y la tabla pesaba alrededor de 1.4mb y cometí el error de borrarlos todos (porque la tabla con pocos datos no da problemas), así que ahora no puedo descartar consultas borrando parte del código. Entonces ¿cómo puedo saber que consulta está ocasionando el problema?