No conozco un programa en Java para generar el RFC, pero si no tienes experiencia en Java, ¿Por que estas buscando un programa en Java?
Si tienes experiencia en otro lenguaje, tu puedes generar el RFC siguiendo el algoritmo para generarlo. Ese algoritmo es publico. Tengo un documento de Word que contiene ese algoritmo, pero no pude localizar el documento en la pagina del SAT; aunque encontre esta pagina donde puedes revisar como se calcula el RFC.
http://solucionfactible.com/sfic/cap...mbrado/rfc.jsp
Vienen las reglas para las personas fisicas y morales. Ademas, en el menu de la derecha estan los enlaces a las paginas que explican como generar la homoclave y el digito verificador