En primer lugar: ¿Estás intentando truncar una tabla en caliente o la base está off-line?
Eso es crítico. Si estás intentando truncar una tabla mientras está funcionando el sistema y se están haciendo lecturas y escrituras (SELECT / INSERT / UPDATE), desde ya que no vas a poder.
A eso me refiero con:
Cita: Qué procesos se están ejecutando, cómo se llama a MySQL, qué usos tiene la base al momento de hacerlo...