He encontrado esto, que tiene que ver con el enlace que dorianlx me pasó, que hace lo que yo quería.
Código:
PackageManager manager = getPackageManager();
if (manager.checkSignatures(context.getPackageName(), "paquete.app.pro")
== PackageManager.SIGNATURE_MATCH) {
//full version
}
Comprueba si el paquete de la versión pro existe y si tiene la misma firma que la versión lite.
Un saludo