Yo no soy muy conocedor del tema pero, debiste hacerle firmar al cliente un contrato donde él se compromete a en caso de modificar el código desarrollado de no violar los derechos de autor o de creación de dicho código.
En la mayoria de los países el código que desarrollas es de tu propiedad, por lo tanto es tuyo sin ningun tipo de objeción, sin embargo hay sitios como
safecreative.com donde puedes declarar tu codigo como tuyo y en caso de plagio puedes demostrar a nivel jurídico que ese codigo es tuyo e incluso multar al comprador por haber cambiado los derechos de autor.
En tu país debes averiguar como es la mejor manera de licenciar tu código o las leyes sobre desarrollo plagio o alteracion de software.