Hola peque!!!
Creo que las JLabel, ya son transparentes por defecto. Por lo menos cuando las pones sobre un JPanel lo son.
De todos modos, si como dices, al poner una etiqueta sobre una imagen dejan de ser transparentes, puedes hacer la ñapa de crear una JLabel pasandole una imagen que contenga el texto que quieres mostrar con el fondo transparente.
Claro que esta ñapa sólo es efectiva si el contenido de la etiqueta es estático.
Suerte,
un saludo,
kripton