Primero deberías revisar las opciones de tus permalinks Settings -> Permalinks a ver qué tienes allí. O tal vez tengas un plugin instalado que te está provocando este error.
En cuanto al paginado, creo que agregando un archivo
paged.php a tu theme podrá ser suficiente, para eso fíjate en este link
http://codex.wordpress.org/Template_Hierarchy
Saludos.