Hola,
Te recomiendo el plugin
Google XML Sitemaps para elegir que indexa google y otros o otro plugin seo.
Si tu url es miweb.com/category/animales al entrar en miweb.com/animales deberia cambiar la url a miweb.com/category/animales porque es lo correcto y es normal que miweb.com/animales/page/2/ te de un 404 ya que para WP no existe.
Puedes revisar los permalink en las opciones para comprobar que funciona bien la opcion de rewrite de url.
Yo por ejemplo uso el plugin
WP No Category Base justamente para que mis enlaces no muestren ./category/. y quede directamente miweb.com/animales.