A ver, si tienen activado el mod-rewrite no es apache, si tienes mal el htaccess borralo, te pongo como es el que te crea wordpress.
Código:
# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /wp/
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /wp/index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress
Cuando en el wordpress cambias las url te muestra algun error en la parte superior?