Grax por tu comentario me ha servido de mucho ya que funciono y como bien dices me faltaba asignarlo a una variable basto con hacer
echo "<td> <a target=\"popup\" onClick=\"window.open(this.href, this.target, 'left=550, width=700,height=600'); return false;\" onMouseOver=\"
ventana=window.open(this.href, 'ventana','width=300, height=400, left=600'); return true;\" onmouseout=\"ventana.close();\" href=\"".$path3."/".$imagen3."\">".$imagen3."</a></td>";
y Listo. muchas gracias