Hola:
Es un poco "rara" la estructura de directorios que has puesto, es una especie de híbrido entre apache y tomcat. Te comento lo habitual
En la configuración de apache debes poner un mod_proxy o un mod_ajp o un mod_jk (cualquiera de las tres vale) de forma que redirija cualquier petición a
http://dominio/tuaplicacion/* a
http://localhost:8080/tuaplicacion/* siendo el localhost:8080 tu tomcat y suponiendo que corre en el mismo servidor que apache. Esta redirección es para mod_proxy (yo creo que es la configuración más fácil), si usar mod_ajp o mod_jk se debe redirigir a un puerto específco que abre tomcat para estos protocolos.
Dentro de tomcat, la aplicación debe ir dentro del directorio webapps en un subdirectorio que se llame tuaplicacion. Ahí dentro tendrás los jsp, las carpetas que tú quieras con imagenes u otros recursos y las carpetas WEB-INF y META-INF.
Dentro de WEB-INF hay un web.xml que es donde tienes que decir qué url corresponde a tu servlet. Ahí solo pondrías /clavel y le indicas cual es la clase de tu servlet, estilo esto
Código XML:
Ver original...
<servlet>
<servlet-name>clavel</servlet-name>
<servlet-class>tu.paquete.tu.Servlet</servlet-class>
</servlet>
<servlet-mapping>
<servlet-name>clavel</servlet-name>
<url-pattern>/clavel</url-pattern>
</servlet-mapping>
...
De esta forma
http://dominio/tuaplicacion/clavel acabaría llegando a tu servlet.
Se bueno.