Yo tengo un sistema que genera Excels aveces de hasta 150mil registros y funciona correctamente. El problema que tuve es que phpexcel tiene cierto memoryleak, el consumo de memoria es excesivo, si mal no recuerdo gasta 1k por celda como minimo independientemente del contenido (Siempre y cuando no se supere )... Entonces no solo depende de la cantidad de rows, si no tambien las columnas. Deberias hacer el calculo de que tanta memoria vas a usar y ver si es conveniente o no.
"At present, each cell in a workbook takes on average 1k of memory (without any caching) or 1.6k on 64-bit PHP - I'll assume 32-bit PHP for the moment - so 8000 lines with 31 columns (248,000 cells) will be about 242MB. With cell cacheing (such as php://temp or DiskISAM), that can be reduced to about a third, so the 8000 lines by 31 columns will require about 80MB. I'm trying to squeeze a bit more out of that; but so far I've the saving is just a few bytes, or a horrendous (45x slower) deterioration in speed."
http://phpexcel.codeplex.com/discussions/219111