Cita:
Iniciado por jevangelista 
Cuando se hacen este tipo de preguntas suelen darse respuestas de fanboy. No hay un lenguaje perfecto para todo.
Si te vas por .NET estarás muy encasillado en Windows a pesar de que existan proyectos como MONO, tendrías que aprender a hacer maniobras para hacer proyectos compatibles en muchos ambientes.
Si te vas por Java tienes mucha compatibilidad, pero dicen la malas lenguas que pierdes algo de performance y que algunas cosas son difíciles de hacer.
Yo te recomendaría ponerte el reto de hacer una aplicación sencilla en ambos lenguajes y con ello descubrirás cuál te acomoda más.
Estoy harto del supuesto "encasillado en Windows". Que argumento mas estupido a favor de una tecnologia DINOSAURIO como java. El tipo quiere hacer una aplicacion DE ESCRITORIO. A que te suena? a UNIX? cuantas personas en el mundo entero tienen una computadora de ESCRITORIO con UNIX? que estupidez. La realidad es que .Net, tan solo con LinQ y con WPF le pasa por encima a java por kilómetros. Sin siquiera hablar de otras partes del framework como WCF y Entity Framework.
La realidad TECNICA y libre de opiniones personales es que TECNICAMENTE C# y .Net son 20 veces mejores que cualquier cosa que haya en java.
JavaFX parece prometedor como copia de WPF, lo estaré investigando bastante para poder criticarlo con argumento.
Google no miente: pone "Java Application" en google Imagenes y despues pone "WPF Application" y fijate.