En realidad, una aplicación web también dispone de LAS MISMAS capas que una aplicación de escritorio:
- Capa de datos: acceso a los servidores de BBDD para cargar los datos, consultas, etc.
- Capa de negocio: aplicación de reglas de negocio a los datos cargados
- Capa de presentación: en una aplicación web corresponde a los componentes HTML y en una de escritorio a los winforms, pero es básicamente lo mismo.
Tanto una aplicación web como una de escritorio también pueden acceder a servicios disponibles mediante WebServices.
Veo que te equivocas en muchos conceptos. Por ejemplo, una aplicación de contabilidad normalmente almacena los datos en un servidor de BBDD. Por ende, necesita conectividad a la red para acceder a la información y por funcionar. Además, tu estás refiriendote a las aplicaciones de escritorio como
distribuidas y estas, por definición, necesitan de la conexión a un servidor.
El tener la lógica de negocio en el servidor no implica que la aplicación vaya a ir más lenta.