Cita: No sé cómo estructurar la salida de la consulta para mandarlo al checkbox y que me seleccione las opciones que estén presentes en la BD.
La base de datos sólo puede aportar los
datos, la forma y orden en que se listen se plantean en la consulta con el uso de algunas cláusulas como ORDER BY. Pero la carga de los checkbox es algo que debes resolver en programación, no en SQL.
Y programación es OFF-TOPIC en los foros de bases de datos.
Si quieres, muevo el post a PHP.